Debiutowała w 1987 roku w spektaklu "Czyste szaleństwo" w reżyserii Jana Englerta. Na koncie ma wiele nagród za role teatralne, występowała w teatrach w Warszawie i Łodzi. Fani kojarzą ją przede wszystkim z roli Marii Zduńskiej (później Rogowskiej) z serialu "M jak miłość". To za tę rolę pokochali ją widzowie i choć w życiu zawodowym odniosła wiele sukcesów, w życiu prywatnym Małgorzaty Pieńkowskiej nie brakowało trudnych chwil.
Więcej podobnych historii przeczytasz na stronie głównej Gazeta.pl
W 2000 roku otrzymała jedną z głównych ról w serialu "M jak miłość". Marię Zduńską gra w nim do dziś. W 2003 roku usłyszała druzgocącą diagnozę - rak piersi. Początkowe załamanie zastąpiła jednak determinacja. Nie zrezygnowała z pracy, choć przeszła wycieńczające leczenie. – Miałam dla kogo żyć, córka, rodzice, praca... I chciałam żyć. Miałam 38 lat – wspominała później w rozmowie z "Galą".
W tym samym czasie w życiu aktorki doszło też do życiowej rewolucji. Po 14 latach małżeństwa postanowiła się rozwieść. W związku między Pieńkowską a Jackiem Sobalą już od jakiegoś czasu nie układało się najlepiej. – Pewnie inna kobieta w mojej sytuacji uznałaby, że choroba to wystarczający ciężar do udźwignięcia i nie dokładałaby już do niego rozwodu, lecz ja byłam zdeterminowana. Pomyślałam, że skoro nie można uzdrowić relacji z drugą osobą, trzeba uzdrowić siebie. Uporządkowałam więc swoje życie – wspominała w jednym z wywiadów. Małgorzata Pieńkowska i Jacek Sobala rozstali się w 2005 roku.
Szczęście udało jej się odnaleźć u boku Andrzeja Nersa. Poznali się, gdy Ners był w separacji z Agnieszką Gołas-Ners, córką Wiesława Gołasa. Z tego powodu długo utrzymywali swój związek w tajemnicy. Na rozwód Ners czekał 10 lat. Para skrzętnie chroni swoją prywatność. Nie pojawiają się razem na imprezach ani nie udostępniają wspólnych zdjęć.